יום חמישי, 22 בדצמבר 2011

מדוע נגיף מחסל את המאכסן שלו? - מרית סלוין


מערכת היחסים המרתקת בין נגיף ובין המאכסן שלו, שהוא תא חי, מעלה שאלות שלא תמיד זוכות למענה הגיוני. לדוגמה: מדוע נגיף מחסל את המאכסן שלו, שהרי בלא אכסניה אין לו חיים? מדוע התא לא מצליח להתגונן? איר ״רכשו" הנגיפים הזעירים מהמאכסן שלהם במהלך האבולוציה גנים ו״ניכסו״ אותם לצורך מלחמה בו? מעבר לכך מתברר שחקר היחסים ההדדיים הללו פותח פתח להכרת ״פרטנרים״ חדשים, שממלאים תפקידים לא רק במערכת נגיף־תא, אלא גם בתחומים אחרים, כמו בהתמרה סרטנית. פרופ׳ רונית שריד מהפקולטה למדעי החיים באוניברסיטת בר־אילן חוקרת מקצת מהיחסים הללו.

נגיפים הם חלקיקים זעירים המורכבים מחומר גנטי שארוז במעטפה חלבונית. לשם התרבותם הם זקוקים למאכסן - תאים של יצורים חיים - ובלעדיו הם לא שורדים. נגיף חופשי לא מגלה שום פעילות חיים, אבל לאחר שהוא חודר לתא המאכסן הוא פעיל מאוד. הוא משתלט על מנגנונים תאיים ומפעיל אותם לצרכיו, תוך כדי ניצול משאבי התא באופן המוביל במקרים רבים למות התא. נשאלת השאלה מדוע הנגיף ממית במקרים רבים את התא אם הוא זקוק לו לצורך קיומו? מכאן עולה שאלה נוספת: האם נגיף שאינו ממית את התא המודבק ייחשב מותאם יותר ובעל שרידות גבוהה יותר?

נגיפי HHV-8 במיקרוסקופ אלקטרונים
CDC
/ Cynthia Goldsmith and Jodi Black

ביטויי ההדבקח בנגיף אלים

רונית שריד חוקרת את נגיף סרקומת קאפושי - נגיף התוקף באלימות תוך כדי גרימת מחלה סרטנית בחולי איידס, מושתלי איברים ובני אדם בעלי מערכת חיסון פגועה. זהו נגיף שנמנה עם משפחת נגיפי ההרפס, ושבמרבית המקרים מדביק ונותר בגוף בלא סימני מחלה. המחלה מתפרצת בדרך כלל במקרים של כשל חיסוני או באוכלוסייה מבוגרת. אצל חולי איידס היא יכולה להתבטא בחומרה ולגרום למוות. ”המופעים המגוונים של התבטאות ההדבקה בנגיף בבני האדב מעניינת מאוד. במרבית המקרים אין תסמינים כלל, ואם הם קיימים הם משתנים: אדם לאדם. הסיבות להתפרצותה של המחלה, גורמי הסיכון השונים ודרכי העברת הנגיף - כל אלה סקרנו אותי ובמקביל למחקר במישור הקליני והאפידמיולוגי פניתי למחקר מולקולרי, המתמקד במערכת היחסים נגיף־תא במטרה להבין משהו ממערכת היחסים בין הנגיף לתא המאכסן”, מספרת שריד.

כשנגיף חודר לגוף הוא מתביית על תא מטרה, נקשר לקולטן הממוקם על ממברנת התא, חודר לתוך התא, מתערטל מהמעספה החלבונית שלו ונשאר תוך כדי שחרור החומר הגנטי. מהחומר הגנטי מתבטאים הגנים הנגיפיים המקודדים ליצירת חלבונים שמשרתים בדרך כלל את הנגיף, ביניהם כאלה המכשירים את התא להתרבות הנגיף ומדכאים את תגובות התא נגדו. חלבונים אחרים מסייעים לשכפיל הנגיף תוך כדי שימוש באבני הבניין של התא וליצירת חלבוני המעטפת המשתתפים בהרכבתו של החומר הגנטי של הנגיף ובאריזתו מסייעים לשחרור הנגיפים מן התא. מהלכים אלה פוגעים בתא ומובילים ברוב המקרים לחיסולו. הנגיף, למעשה, מנכס לצרכיו את מנגנוני החיים של התא והתא מצדו מנסה להתגונן. הוא מפעיל תוכנית חיסול במטרה לפגוע בהתרבות הנגיף, אבל הנגיפים משתיקים את תהליכי ההתגוננות של התא ועושים בו כבתוך שלהם. עם זאת לא כל הדבקה נגיפית מסתיימת במוות של התא המודבק או המאכסן. השילוב של תגובת התא עם המערכת החיסונית מקנים לנתקפים בנגיפים יכולת להגביל את התפשטות ההדבקה הנגיפית ולשרוד.

שריד עוסקת בחקר הגורמים המשתתפים בתהליכים האלה, כשמודל המחקר שלה הוא נגיף סרקומת קאפושי. ״הגנום של נגיף סרקומת קאפושי הוא גדול יחסית ומכיל כ־90 גנים, חלקם גנים שהנגיף ׳רכש׳ במהלך האבולוציה מהתאים שאכסנו אותו׳׳, מסבירה שריד. ״אנחנו מתמקדים בגן אחד מאלה, המכונה 2-Bcl, המקודד ליצירת חלבון שמשתתף בבקרת תהליכי מוות של התא.׳׳ כשתאים מסיימים את מחזור חייהם או מזהים שיבושים בפעילות התא הם עשויים להפעיל ״תוכנת התאבדות" שטבועה בגנום שלהם ומביאה למותם - תהליך המכונה אפופטוזיס. תהליך התאבדות מסוג זה מושרה גם במהלך הידבקות בנגיף, ותפקידו לעכב את התרבות הנגיף בגוף: התאים המודבקים מומתים וכך עשויה להצטמצם הפצת הנגיף לתאים נוספים. החלבון 2-Bcl הנגיפי משתתף בתאים בבקרת תהליכי ההתאבדות של תאים והוא מעכב את תהליכי המוות תוך כדי עקיפת מסלולי הבקרה השונים של התא.

פרופ' רונית שריד
צילום: אוניברסיטת בר-אילן

יחסי גומלין בין חלבוני הנגיף לחלבוני התא 

״בעיקרון הנגיף 'מפעיל' את החלבון 2-Bcl בתאים המודבקים ׳במטרה׳ שהתא יחיה יותר, והוא מצדו יוכל להתרבות ולשרוד בתא שמאכסן אותו. התחלנו לבדוק איך קורה התהליך הזה ובחנו עם אילו חלבונים של התא מגיב החלבון 2-Bcl של הנגיף״, ממשיכה שריד. ׳׳זיהינו חלבון תאי בשם 1-P1CT שמגיב איתו והתגובה הזאת דווקא מנטרלת את פעילות עיכוב המוות של התא שמשרה 2-Bcl הנגיפי. יחד עם זאת, מצאנו שבמקביל התגובה של החלבון 2-Bcl עם 1-PICT מקנה לו תפקיד חדש: הוא מעכב את חלוקת התא. אנחנו יודעים שתא בשלבי חלוקה הרבה יותר רגיש לאותות של מוות, ולכן עיכוב חלוקת התא מקנה עמידות בפני מוות ואף מאפשר את גיוס אבני הבניין של התא לשכפול הנגיף ולא לשכפול התא. לכן נראה שהחלבון 1-PICT ממלא תפקיד כפול במהלך ההדבקה: הוא ממתן את הפעילות מעכבת המוות של 2-Bcl, ומצד שני מקנה לו תפקיד נוסף שאולי חיוני במהלך ההדבקה.״

חקר יחסי הגומלין בין חלבוני נגיף לחלבונים תאיים הוא בעל חשיבות בהבנת תהליך ההדבקה ופיתוח עתידי של אמצעים לבלימתו. יותר מכך: מתברר שבאמצעות החלבונים הנגיפיים מתגלים ממצאים מפתיעים על תפקיד החלבונים התאיים. לדוגמה: ממצאים ראשוניים מצביעים על מעורבותו של החלבון התאי 1-P1CT בתהליכי ההתפתחות של גידולים סרטניים. לפיכך, חקר היחסים בין Bcl-2 ל-PICT-1 עשוי לסייע לא רק בהבנת מנגנון הפעולה של 2-Bcl במהלך ההדבקה בנגיף, אלא אף לפיענוח תפקידיו של החלבון 1-P1CT בתהליכי חיים שונים.

פורסם ב"גליליאו" 160, דצמבר 2011

יום שלישי, 20 בדצמבר 2011

קרוב לצלחת - 90 שנה למותו של ממציא צלחת הפטרי - איתי נבו



גידול חיידקים במעבדה הוא היום עניין של מה-בכך. צריך לאבחן זיהום חיידקי? נוטלים דגימה קטנה מהחולה (למשל משטח גרון), מניחים על מצע גידול וכשהחיידקים מתרבים אפשר לזהותם ולהתאים טיפול לחולה. רוצים לבדוק את יעילותו של חומר אנטיביוטי? מטפטפים ממנו על תרבית החיידקים, ורואים בקלות היכן הם מתרבים והיכן לא. צריכים לבדוק רמות זיהום במים? כמה טיפות על צלוחית הגידול יגלו עד מהרה את התשובה. ואולם, מה שנעשה דרך קבע מדי יום ביומו במאות אלפי מעבדות ברחבי העולם, ממש לא היה מובן מאליו לפני פחות מ-150 שנה.

מנוזל למוצק

כמו פריצות דרך רבות בתחום המיקרוביולוגיה, גם שיטת הגידול פותחה במעבדתו של הרופא הגרמני רוברט קוך (Koch, 1910 - 1843). קוך היה אחד מחלוצי המחקר במחלות זיהומיות ומיליונים חבים לו את חייהם בזכות מחקריו בשחפת, בכולרה, בחיידקי גחלת ובמחלות רבות אחרות. עם עובדיו, עמיתיו ותלמידיו פיתח קוך רבות מהטכניקות המשמשות מדענים עד היום בגידול חיידקים ובאבחון מחלות. בין השאר קוך היה מהראשונים שגידלו חיידקים בתרביות, בדרך כלל בבקבוק המכילה תמיסת מזון עשירה, שבה יכלו החיידקים להתרבות ולשגשג. ב-1881 המציאה עובדת של קוך, פאני הסה (Hesse) פטנט חדש: גידול חיידקים על מצע מוצק. היא השתמשה באגאר (Agar) חומר עשיר בסוכר המופק מאצות, ומרקמו דומה לג'ל מוצק. המצע הסוכרי הזה נמזג לבקבוקים או לצלוחיות, שם שימש משטח נוח להתפתחות החיידקים. לעיתים הוא גם נמרח על לוחיות זכוכית, דומות לאלה המשמשות בהתבוננות במיקרוסקופ. השימוש במצע מוצק איפשר לחוקרים הפרדה קלה יותר בין אוכלוסיות חיידקים, וטיפול מדוייק יותר בחיידקים (אפשר להפריד בקלות בין מושבות, בניגוד לתרבית נוזלית).

 Julius Richard Petri - ~1888

הצלחת המוצלחת

כעבור שש שנים, ב-1887, הגה עובד אחר אצל קוך, הרופא הצבאי יוליוס ריכארד פטרי (Petri) רעיון גאוני ופשוט בתכלית. לגדל את החיידקים על מצא האגאר המוצק בתוך צלוחית עגולה, ועליה מכסה גדול במעט מן הצלוחית עצמה. הפיתוח החדש צמצם מאוד את מספר הזיהומים בתרביות (משום שהיה מכסה נפרד לכל צלוחית). אבל גם הקל על הגישה לכל מושבה ואיפשר להתבונן בצלוחיות בלי לפתוח אותן. כמו כן היא האריכה בכמה ימים את משך החיים של החיידקים בתרבית. עד מהרה הפך השימוש בצלוחיות הפשוטות לתקן מקובל בכל המעבדות, והן מוכרות כיום בשם של ממציאן – צלחות פטרי. בימיו של פטרי נהגו להשתמש בצלוחיות זכוכית, למזוג לתוכן את חומר המצע הרותח ולחכות שיתקרר. כיום אפשר לקנות צלוחיות פלסטיק מוכנות באריזה סטרילית, עם מצעי גידול שונים. צלוחיות הפלסטיק מתוכננות כך שחריצים זעירים בין המכסה לצלחת יאפשרו זרימת אוויר עם סיכוי מזערי לזיהום. בליטות במכסה ובצלוחית מאפשרות לערום מספר רב של צלחות, אך כאמור – כמעט אין הבדל מהותי בין הצלוחיות של ימינו לאלה שהמציא פטרי לפני כ-125 שנה. ריכארד יוליוס פטרי עסק שנים רבות בחקר מחלות, פרסם כ-150 מאמרים מדעיים בתחום המיקריוביולגיה וההיגיינה, והמציא עוד כמה המצאות חשובות (כמו מסנן לחיטוי תרביות), אך שמו ייקשר כנראה לעד לצלוחיות הפשוטות שהמציא. השבוע לפני 90 שנה, ב-20.12.1921, הלך פטרי לעולמו בגרמניה, מותיר לעולם המדע את אחד מכלי העבודה הבסיסיים ביותר שלו.



פורסם במקור בבלוג המאור הקטן של רשת  ב וגם ב"תפוז בלוגים"

יום ראשון, 11 בדצמבר 2011

שמרי אפייה, גרסה 2.0 - גל חיימוביץ


על יצירת כרומוזום סינתטי בשמרים

שמרים תחת מיקרוסקופ
Masur, Wikimedia commons

ביולוגיה סינתטית היא תחום חדש (מאוד) בביולוגיה, שבו חוקרים לומדים כיצד להנדס מחדש מערכות ביולוגיות קיימות לכדי יצירת חלבונים חדשים, מסלולים מטבוליים חדשים, ואף אורגניזמים חדשים (וראו: ירון כספי, "ואלה תולדות הביולוגיה הסינתטית", "גליליאו" 158, אוקטובר 2011). תחום זה עלה לכותרות העיתונים גם בעקבות עבודתו של קרייג ונטר (Venter), שיצר כרומוזום חיידקי שלם סינתטי. למעשה, רוב המחקר בביולוגיה סינתטית מתמקד (לפחות בשלב זה) ביצורים פרוקריוטיים, מכיוון שלהם יש כרומוזום יחיד, וקטן יחסית. קבוצתו של ג'ף בואק (Boeke) מאוניברסיטת ג'ונס הופקינס פרסמה בכתב-העת Nature (ספטמבר 2011) עבודה ראשונה על כרומוזום איקריוטי סינתטי.

לשמר האפיה יש 16 כרומוזומים, כל אחד בעל שתי זרועות וביניהן צֶנטרומֶר; כל אחד מהכרומוזומים הוא באורך של כמה מאות אלפי עד מיליוני נוקלאוטידים. בואק ועמיתיו בחרו לייצר באופן סינתטי רק את הזרוע הקצרה של כרומוזום 9 (כ-90,000 נוקלאוטידים; הזרוע הקצרה ביותר בגנום השמרי), המהווה כ-20% מאורך כרומוזום 9 כולו, ומקטע של כ-30,000 נוקלאוטידים מקצה הזרוע הארוכה של כרומוזום 6 (מקטע זה הוא כ-16% מאורך הכרומוזום כולו).

החוקרים הגדירו שלושה עקרונות מנחים ליצירת הכרומוזומים הסינתטיים. עיקרון ראשון:  הזן החדש שייווצר צריך להיות בעל פנוטיפ הדומה ככל האפשר לזן המקור. עיקרון שני: יש למחוק אזורים שיציבותם הגנטית נמוכה. עיקרון שלישי: הכרומוזום הסינתטי צריך לאפשר לחוקרים לבצע עליו בדיקות ומניפולציות גנטיות בקלות יחסית כדי להקל על מחקרים עתידיים.

זרועות הכרומוזומים הסינתטיים (שהחליפו את זרועות הכרומוזומים הטבעיים) מכילות את כל הגנים וקטעי ה-DNA היציבים המופיעים בכרומוזום הטבעי, ובאותו סדר. בהתאם לעיקרון הראשון שקבעו לעצמם החוקרים, השינויים שנעשו בכרומוזום הסינתטי (ראו בהמשך) לא השפיעו על יכולת הגדילה או על ההישרדות של התאים בתנאים שנבדקו במעבדה, יחסית לזן המקור.

לעומת האזורים היציבים, מהכרומוזום הוחסרו מִקטעי DNA לא יציבים דוגמת רטרוטרנספוזונים ורצפי RNA מעביר (tRNA): רטרוטרנספוזונים הם רצפי DNA שמקורם כנראה בנגיפים שהשתלבו בגנום. אלו רצפים שמיקומם לא יציב והם יכולים "לקפוץ" בין אזורים שונים בגנום. רצפים אלו נחשבים כלא-חיוניים בשמר. בשמר יש 275 גנים למולקולות tRNA, המקודדים יצירת 42 סוגי tRNA שונים (כלומר כמה גנים לכל סוג). גנים אלו ידועים כמקנים אי יציבות בגנום, כלומר מעלים את תדירות השבירה והשחלוף של כרומוזומים במהלך הכפלת ה-DNA. על כן, בהתאם לעיקרון השני, רטרוטרנספוזונים וגנים מקודדי tRNA הוסרו מהכרומוזום הסינתטי.

העיקרון השלישי הוא המעניין והחשוב ביותר בפיתוח הכרומוזומים הסינתטיים. שלושה שינויים עיקריים נעשו כדי לממש את העיקרון הזה: האחד, הוספת ברקוד גנטי, רצפים קצרים יחודיים שנמצאים רק בכרומוזום הסינתטי ולא במקורי, שבעזרתם אפשר להבחין בקלות בין DNA מהמקור הטבעי או המלאכותי. השני, החלפה של קודוני סיום תרגום: הקוד הגנטי מכיל 61 קודונים המקודדים הצבת 20 חומצות אמינו, ושלושה קודונים המקודדים סיום תהליך תרגום החלבון (כל קודון הוא אחד מ-64 צירופים אפשריים של שלושה מארבעת הנוקלאוטידים). ביצירת הכרומוזום הסינתטי הוחלף אחד הקודונים לסיום תרגום (TAG) בקודון סיום אחר (TAA) בשיטתיות בכל הגנים, כך שעתה כל הגנים על גבי הכרומוזום הסינתטי מכילים רק אחד משני קודוני הסיום האחרים:TAA  או TGA. עתה, הקודון TAG יכול להיות בסיס להנדסת מערכת קידוד חדשה (tRNA מלאכותי שיכיר קודון זה, וחלבון שישדך אותו tRNA עם חומצת אמינו מספר 21). מערכת כזו יכולה להיות בסיס ליצירת חלבונים חדשים לחלוטין, שאינם נמצאים בטבע, או כמנגנון ליצירת מין-ביולוגי חדש שאינו יכול להתרבות ברבייה מינית עם המין-הביולוגי המקורי.

השינוי השלישי הוא שלכרומוזומים הסינתטיים הוחדרו רצפים מיוחדים (LoxP) לפני כל גן ואחריו. כמו כן, הכניסו לשמרים גן המקודד יצירת אנזים (Cre), המבצע שחלוף (רקומבינציה) בין רצפים של LoxP. הגן המקודד את יצירת האנזים נתון תחת בקרה של הורמונים אסטרוגנים (שאינם קיימים בשמרים). לפיכך האנזים ייווצר רק כשיוסיפו אסטרוגנים למצע הגידול. היתרון של מערכת זו הוא שבעזרתה אפשר לבחון שאלות הנוגעות ליציבות הגנום, לחשיבות אותם גנים בתנאי גידול שונים או לתהליכים שונים בתא, לסדר של הגנים על גבי הכרומוזום ועוד.

ומה צופן העתיד?
על פי התחלה מצליחה זו, לא מן הנמנע שכבר בעשור הקרוב יוחלף כלל הגנום השמרי בכרומוזומים סינתטיים (ויש לציין שבאופן יחסי קל לבצע בשמרים שינויים גנטיים, כמו החלפת הכרומוזומים, לעומת תאים ממקור רב-תאי כמו תולעת, זבוב או עכבר). אפשר יהיה להחליף את הקוד הגנטי בכללותו (או להוסיף עליו, עד 43 חומצות אמינו שונות בנוסף ל-20 הקיימות) שייצרו חלבונים מלאכותיים בעלי תכונות שמעולם לא נראו בטבע לפני כן. חלבונים אלו עשויים לשמש בסיס לרפואת העתיד.

ואם נלך לעתיד רחוק יותר – הצלחות של מערכות מודל כמו מערכות השמרים יוכלו לשמש בסיס ליצירת אורגניזמים רב-תאיים מלאכותיים שישמשו את האדם למזון, כחיות מחמד, ליישוב אנושי בחלל ועוד. ואולי, עם כל ההשלכות המוסריות, גם ליצירת אדם מלאכותי.

לקריאה נוספת

דרור בר-ניר, "הגנום שלך – זה טבעי?" "גליליאו" 143.

פורסם ב"גליליאו" 160, דצמבר 2011