יום שבת, 15 ביולי 2023

על שרידות בחיידקים ופטריות - אנטיביוטיקה ורעלנים - אסף לוי

 

חיידקים ופטריות מיקרוסקופיות נמצאים במאבק מתמיד על משאבים. לשם שרידות התפתחו אצלם כל מיני מנגנוני הגנה ותקיפה כנגד מיקרובים אחרים. הדוגמה המוכרת היא אנטיביוטיקה שמיוצרת למשל אצל פטריית הפניציליום ממנה אלכסנדר פלמינג בודד לפני כמעט 100 שנה את הפניצילין. 


(credit: Alice C. Gray)


חיידקים מהסוג Streptomyces הם הכימאים של הטבע ומייצרים שלל אנטיביוטיקות אחרות. 

כלי נשק פופולרי נוסף הוא חלבונים רעילים (רעלנים) אותם משחררים או מזריקים חיידקים כנגד החיידקים והפטריות המתחרים בהם (או לתוך בע"ח או צמחים). במקרה של רעלנים הפוגעים בחיידקים, החיידקים התוקפים צריכים מנגנון הגנה למנוע פגיעה עצמית. הפתרון הנפוץ הוא חלבון אנטי-רעלן שמנטרל באופן ספציפי את הרעלן ומצוי לרוב בגנום של החיידק בסמוך לגן לייצור רעלן. כך יחוסלו רק מתחרים שאין להם את האנטי-רעלן והחיידק לא יפגע במי שקרוב לו גנטית. מכיוון שיש מגוון גדול מאד של רעלנים ואנטי רעלנים חיידק שרוצה לתפוס נישה, למשל במעי שלנו, נתון תחת התקפה מתמדת. נשאלת השאלה איך בכל זאת הם מצליחים לשרוד בסביבה עוינת מרובת תוקפים. 

לפני כמה שנים פורסם ב-Nature מאמר מגניב מקב' מאוניברסיטת וושינגטון בסיאטל שחקרו את העמידות של חיידק Bacillus fragilis, חיידק מעיים נפוץ, כנגד רעלנים. מה שהחוקרים מצאו זה שהחיידק מחזיק בגנום שלו "איים של גנים לאנטי-רעלנים" דינמיים כנגד רעלנים שונים וכך מוכן לכל צרה שלא תבוא. האיים הללו הם בין השאר מה שמאפשר את השרידות ויש בהם מנגנון מובנה להכנסת גנים לאנטי-רעלנים חדשים אותם החיידק קולט מהסביבה.

המאמר מ-Nature - אוקטובר 2019

ד"ר אסף לוי - המחלקה למחלות צמחים ומיקרוביולוגיה, הפקולטה לחקלאות, האוניברסיטה העברית

פורסם בטוויטר של המחבר - יולי 2023


יום שבת, 8 ביולי 2023

בעית עיכול של הארנבאים - ופתרונה - איגור ארמיאץ'

 

גללי ארנבת (Lepus europaeus) מזוהים בקלות בזכות צורתם הפחוסה וצבעם הבהיר. אלה כמובן רק הגללים הקשים.

כמו שיודע כל מגדל ארנבונים, למיני סדרת הארנבאים דרך מיוחדת לעכל את מזונם. העשב, הנאכל על-ידיהם, הוא אוכל סיבי, עתיר בתאית קשה לפירוק. יונקים המעכלים תאית מסתמכים לשם כך על חיידקים, המוחזקים בגופם. אצל מעלי-הגרה החיידקים נשמרים באחת מארבע הקיבות. אצל הסוסיים מכיל המעי הגס את החיידקים, ואילו אצל הארנבת הם שוכנים במעי עיוור (cecum), המהווה סעיף גדול של המעי, לקראת סוף מערכת העיכול. הארנבת מתסיסה את מזונה במשך מספר שעות במעי העיוור, כך שהחיידקים יכולים לשחרר ממנו סוכרים וחלבונים בשפע. אבל המזון המעוכל לא יכול לעלות בחזרה למעי הדק, כדי לספוג חומרים אלו.


הגללים הקשים של הארנבת
חולות ראשון-לציון, 7.2023

בפתרון נוכל לחזות בשעות הבוקר המאוחרות, כאשר הארנבות נחות בגומותיהן. אז הן פולטות צואה רכה וכהה הנקראת צקוטרופ (cecotrope), שמקורה במעי העיוור. הצקוטרופ נאכל מיד, וכעת מעוכל ביעילות והחומרים המזינים בו נספגים. רק עכשיו המזון עובר עיכול רגיל, ומסיים את דרכו כגללים קשים. 

לעיסת הצקוטרופ אולי נראתה לאבותינו כמו העלאת גרה - והיא באמת משמשת באותו תפקיד. אכילת צואה אולי לא נראית לנו כדבר מפתה, וכך גם לא לעיסת גרה. אצלנו, בני-האדם, משהאוכל נבלע, הוא לא אמור לחזור. לכן אנחנו מוגבלים לאוכל רך ומאוד מזין, בעוד הארנבת והצבי יכולים להתקיים מגבעולים יבשים בחולות.


איגור ארמיאץ' הוא דוקטורנט באוסף העכבישנים הלאומי

פורסם בדף הפייסבוק "ארצות החמרה - שמירת טבע במישור החוף" - 9 ביולי 2023


יום רביעי, 5 ביולי 2023

חיידקים מהונדסים "זוכרים" שהוקרנו - מתן ארבל

 

חוקרים מסינגפור הראו שחיידקים יכולים 'לצלם' תמונה ולשמור אותה במידע הגנטי שלהם, ככה שניתן בדיעבד לשחזר את התמונה. מה? זו התגובה שהייתה לי אחרי שראיתי את הכותרות. אז צללתי לתוך המאמר המקורי.
אמל"ק - זה לא כזה מגניב כמו שזה נשמע וזה לא כזה חדשני אבל זה דרך חמודה להדגים טכנולוגיה. 

צלחת 96

מה שהחוקרים עשו, זה לשים חיידקים בצלחת 96 ואז להאיר על הבאריות בצורה שונה, ככה שזה 'מצייר' תמונה. אבל בסוף "הציור" בכל בארית או שיש אור או שאין אור. החיידקים מקודדים בתוכם פלסמיד 'מקליט' עם אתרי חיתוך LOX (רצף DNA ספציפי) ואת האנזים CRE כאשר הוא מופעל על ידי אור, הוא חותך ישר באתרי ה-LOX. החיתוך גורם לאזור מסוים בפלסמיד ה'מקליט' להיחתך החוצה ולהעלם. לאחר מכן אפשר לרצף את אותם פלסמידים וככה לדעת בדיעבד באיזה בארית פלטה אור או לא וככה כביכול ליצור מחדש את התמונה. חמוד..

זה כמובן חסר תועלת לחלוטין כן? אבל זה מדגים יכולת חשובה להשתמש במיקרובים כדי לאסוף מידע מהעולם שאנחנו בוחרים. אם לדוגמא יכלנו לתת לחולה כדור קטן לבליעה שמכיל חיידקי E. coli שיעבור בכל מערכת העיכול ויאסוף מידע על כל מערכת העיכול מבפנים לאחר מכן נוכל לאסוף את אותו מידע מהאסלה.


המאמר ב-Nature

מתן ארבל הוא דוקטורנט במחלקה לביוטכנולוגיה ומיקרוביולוגיה באוניברסיטת ת"א ומנגיש מדע בזמנו הפנוי.

פורסם במקור בטוויטר של המחבר