נגיפי אדנו במיקרוסקופ אלקטרונים. צילום: CDC/ Dr. G. William Gary |
חיסול ממוקד
אוסף של כתבות ממקורות שונים שנכתבו על ידי מחברים שונים
נגיפי אדנו במיקרוסקופ אלקטרונים. צילום: CDC/ Dr. G. William Gary |
המקור: BENNU’S JOURNEY - Early Earth |
היקום נוצר לפני יותר מ־13 מיליארד שנה וכדור הארץ נוצר לפני כ־4.5 מיליארד שנה. כיצד נוצרו החיים בכדור הארץ, ומתי? לשם עשיית סדר הבה נתחיל - בהתחלה: המפץ הגדול הוביל ליצירת היקום והכוכבים, ובהם גם - בחלוף מיליארדי שנים - מערכת השמש וכדור הארץ שנוצרו, כאמור, לפני כ־4.5 מיליארד שנה. לצורך הפרספקטיבה של לוח הזמנים, אציין שוב כי גילו של היקום מוערך ביותר מ־13 מיליארד שנה, והמין האנושי הפך למין־ביולוגי נפרד לפני כאלפית מיליארד שנה. חצי מיליארד השנים הראשונות של הכדור היו סוערות במיוחד, כאשר בתחילה התנגש בו גרם שמימי גדול, ורסיסים שנוצרו כתוצאה מפגיעה זו התגבשו ויצרו את הירח. הדבר גרם לטמפרטורות גבוהות בהרבה מ־100 מעלות, שבהן לא ייתכנו חיים. בהמשך, עם התקררות הכדור, הוא ״הופצץ" על ידי אסטרואידים ומטאוריטים שהכילו מולקולות בסיסיות, הרלוונטיות לתחילת החיים, וכן שביטים מכילי קרח של מים, שסיפקו מים שהם כה חיוניים לקיום חיים כפי שאנו מכירים אותם בכדור הארץ כיום. אם נדלג כחצי מיליארד שנה קדימה, נמצא את האב הקדמון המשותף האחרון של החיים על פני אדמות - האורגניזם החד־תאי שממנו התפתחו כל החיים בדרך של אבולוציה. חקירת מאובנים ושיטות חישוביות מגלות כי האב הקדמון האחרון דמה לתא החי כפי שאנו מכירים אותו - מעטפת המכילה מערכת של DNA וחלבונים. פשוט ככל שיהיה ביחס לחיים כיום, הוא עדיין אורגניזם מסובך שאינו סביר שייווצר מעצמו בשלב אחד.
השאלה היא כיצד התחילו החיים בכדור הקדום (Prebiotic earth), שעליו התקיים ככל הנראה ״המרק הקדום״ (גוף מים ובו חומרים אורגניים), שבו נוצר אב קדמון זה.
הגדרת החיים המינימום הדרוש מהחיים הוא היכולת לקיים עצמם, אולם אין זה מספיק ואפשר לחשוב על מערכות המסוגלות לקיים עצמן אך ברור שאינן חיות - כמו למשל אש. התנאי הנוסף הדרוש לחיים הוא היכולת לעבור אבולוציה, כלומר - להכיל מידע ולהעביר אותו בצורה נאמנה מדור לדור, ושכפול המידע עשוי להוביל לטעויות. תהליך הברירה הטבעית, בסופו של דבר, מוביל לכך שטעויות שמובילות 7שינויים מיטיבים, שמאפשרים לתא להתמודד יותר טוב עם סביבתו, נשמרות. בהתאם לזאת, בקהילה המדעית מקובלת ההגדרה של NASA: "מערכת חיה היא מערכת המקיימת את עצמה והמסוגלת לעבור אבולוציה". |
חיים בתוך שלולית
במאה ה-19 צ׳ארלס דארווין, ולאחר מכן גם לואי פסטר, העלו השערה עקרונית שהחיים החלו כתרכובות אורגניות בתוך שלולית חמימה, שלאחר מכן התפתחו למערכות חיות. בתחילת המאה ה־20 הביוכימאי הרוסי אלכסנדר איוונוביץ׳ אופארין (Oparin) והביולוג הבריטי ג׳.ב.ס הלדיין (Haldane), באופן בלתי תלוי זה בזה, היו הראשונים שתיארו באופן פרטני יותר כיצד היו יכולים החיים להתפתח מן החומר הדומם ולעבור אבולוציה. אופארין, שהיה ביוכימאי, טען כי חומר חי ודומם דומים בבסיסם, וכי ההבדלים ביניהם נוצרים כתוצאה מהאבולוציה של החומר, שהביאה ליצירת מולקולות מורכבות יותר ויותר, שהחלו לפעול יחדיו. הלדיין, שהיה ביולוג, טען כי התנאים הכימיים ששררו בכדור הובילו ליצירת מגוון של מולקולות פשוטות, ששימשו כמעין מצע שעליו היו יכולים החיים הראשונים להתפתח.
בכדור הארץ הקדום שררו התנאים הדרושים להיווצרות החיים: מים במצב צבירה נוזלי, וכן מולקולות שהיו דרושות כאבני הבניין לתחילת החיים ולהיווצרות התא הבראשיתי (Protocell) - המצב הבראשיתי של החיים שהתפתח לאב הקדמון. מקור אחד למולקולות הבסיסיות הרלוונטיות לחיים הוא מטאוריטים, כפי שבדיקת תוכנם מגלה לנו. מקור אחר הוא כדור הארץ עצמו, שכן ניסויים מראים לנו כיצד בתנאים ששררו בכדור הקדום מולקולות שכאלה היו יכולות להיווצר. לדוגמה, הניסוי של סטנלי מילר והארולד יורי (Miller, Urey) שנערך בשנות החמישים של המאה ה־20. הניסוי כלל כמה מחזורים, שבהם תערובת של גזים המכילים מולקולות המורכבות מהאטומים הבסיסיים (מימן; מים שכוללים חמצן: מתאן שמכיל פחמן; אמוניה מכילת חנקן) חוממה ונחשפה לניצוצות חשמליים באופן ממושך. עם תום הניסוי התגלתה בכלי כמות גדולה של חומר אורגני, כולל חומצות אמינו - מה שהוביל למסקנה שהמולקולות הבסיסיות לחיים המוכרים לנו אכן יכולות היו להיווצר בתנאים הסביבתיים של הכדור הקדום. ואולם השאלה הגדולה היא כיצד כל אבני הבניין חברו יחדיו ליצירת התא הבראשיתי.
כדי לשער איך היו יכולים החיים להתחיל, יש להבין כיצד בנויים החיים כיום, ולנסות ולהסיק מהם מנגנונים אנלוגיים שהיו יכולים להתגשם בכדור הקדום. בצורה כללית, תא מורכב משלוש מערכות המתפקדות יחדיו:
(1) המערכת הגנטית שבמרכזה ה-DNA - מולקולה מורכבת המכילה את כל הקוד הגנטי בצורה של שרשרת (רצף) של ״אותיות" כימיות (לו היו מותחים מולקולה זו מתא אדם, עובייה היה פחות מננו־מטר, אך אורכה הכולל היה כמה מטרים!). מעניין לציין שלמרות החשיבות הרבה של ה-DNA, הוא סטטי וזקוק למתווכים חלבוניים כדי להיות מועתק מדור לדור.
(2) המערכת המטבולית היא שאחראית על יצירת החומרים הדרושים לתפקוד התא ועל הפקת האנרגיה לצורכי התא, בעזרת חלבונים שמקודדים על ירי ה-DNA.
(3) המערכת "המכלית": שתי המערכות הראשונות מוכלות במעטפת (קרומית, ממברנה) שומנית־ליפידית, שמפרידה בינן לבין הסביבה, ומאפשרת מעבר אותות וחומרים בצורה מבוקרת בין פנים וחוץ המכל התאי.
התא הבראשיתי
בשנות החמישים של המאה ה־20, עם פענוח מבנה ה-DNA ופענוח המנגנון המולקולרי של התורשה, קיבלו תחומי חקר ראשית החיים והיווצרות התא הבראשיתי דחף חדש. כבר בתחילה הועלתה תיאוריה, כי התא הבראשיתי כלל DNA וחלבונים פשוטים, שהעניקו לו יכולת לשכפל את עצמו ולעבור אבולוציה. אך מעבר לשאלה איך מולקולות מורכבות שכאלו היו יכולות להיווצר בצורה ספונטנית בכדור הקדום, עולה השאלה מה קדם למה, שהרי ה-DNA הוא סטטי וזקוק לחלבונים שיעתיקו אותו, ואילו החלבונים מקודדים ב-DNA. פרדוקס הביצה והתרנגולת! אנו מחפשים אם כן ביצולת - משהו שהוא גם ביצה וגם תרנגולת. בהקשר של ראשית החיים, על הביצולת להיווצר מעצמה לשרוד בתנאים ששררו בכדור הקדום, וכמובן להיות מסוגלת לשכפל עצמה ולעבור אבולוציה.
אפשרות אחת לביצולת היא מולקולת ה-RNA). בתא, ה-RNA מעתיק, בין השאר, מקטעים מהקוד של ה-DNA ומעביר אותם לריבוזום - המפעל המולקולרי שמייצר את החלבונים בהתאם לקוד. כלומר, ה-RNA מכיל מידע. התגלית החשובה בהקשר זה היא של מולקולות RNA פעילות כאנזימים - ריבוזימים (Ribozymes); בסוף שנות השמונים זכו תומאס צ׳ק (Cech) וסידני אלטמן (Altman) בפרס נובל בכימיה על גילוי מולקולות RNA בעלות תכונות קטליטיות, ריבוזימים. המולקולות הראשונות מסוג זה שהתגלו היו מסוגלות לחתוך חלקים מעצמן, וכיום, בשיטות של הנדסה גנטית, אפשר לסנתז ריבוזימים עם יכולות מגוונות, .מה שמאפשר להעמיק במחקר על ההיתכנות של תחום זה הנקרא ״עולם ה-RNA". יש ריבוזימים שמסוגלים לעבור אינטראקציות עם ריבוזימים אחרים, ואפילו כאלה שיכולים לשכפל את עצמם ממקטעים שלהם. המחקר בתחום מתמקד בחיפוש אחר המקטעים הקצרים ביותר שמסוגלים להתחבר לכדי ריבוזים מתפקד, מתוך הנחה שיותר סביר שמקטעים קצרים נוצרו בכדור הקדום ואז התחברו לידי מולקולות שלמות. אך עדיין, לשם יצירה והתחברות של מקטעים אלה נדרשים אירועים מקדימים בעלי סבירות נמוכה ורמת סיבוכיות ראשונית גבוהה יחסית.
"עולם ה-RNA" הוא הגישה המקובלת כיום בחקר מוצא החיים, אך מתעוררות השאלות כיצד המקטעים הקצרים נוצרו ושרדו זמן מספיק כדי להתחבר לכדי ריבוזים מתפקד, שגם הוא צריך לשרוד בתנאים ששררו בכדור הקדום. חלופה לעולם ה-RNA צריכה להיות בעלת רמת סיבוך ראשוני נמוכה יותר. חלופה שכזו יכולה להיות מולקולות פשוטות הנקראות מטבוליטים (המגיבים והתוצרים של מערכת חילוף החומרים). סוג אחד של מולקולות מטבוליות הוא ליפידים (Lipids) - מולקולות פשוטות יחסית, שלהן ראש וזנב. ה״ראש" הוא קבוצה כימית המתאפיינת באינטראקציה עם מים ועם ראשים אחרים (תכונה הנקראת הידרופיליות), ואילו ה״זנב" הוא שרשרת פחמימנית, שנוטה לעבור אינטראקציה עם זנבות ליפידיים אחרים, אך לא עם מים (תכונה המכונה הידרופוביות). בשל כך ליפידים אלו מכונים מולקולות אמפיפיליות (Amphiphilic, בעלי "אהבה משני סוגים"). מה שמאפיין את הליפידים הוא שהם נוטים להתקבץ יחד באופן ספונטני ליצירת כדוריות וקרומיות (ממברנות).
"עולם הליפידים״ מציע כי הסדר במרק הקדום הוא כדוריות שומן תחילה, ו-RNA אחר כך. חסידי גישה זו מצביעים על כך כי ליפידים, למרות פשטותם, אכן יכולים להכיל מידע. בניגוד ל-DNA ול-RNA, המידע אינו בא לידי ביטוי ברמת המולקולה הבודדת, אלא בצבר - כאשר הליפידים מתקבצים יחדיו ליצירת כדוריות (הליפידים הם "מולקולות חברתיות"). ההידרופוביות וההידרופיליות גורמים לכך שבמים הליפידים האמפיפיליים יתקבצו וייצרו כדוריות, בצורה שבה ראשיהם מופנים כלפי חוץ והזנבות כלפי פנים; הראשים יוצרים מעין מעטפת שמגנה על הזנבות ממגע עם מולקולות מים. כל זאת קורה בצורה ספונטנית, כלומר - אין צורך בעזרים נוספים כדי ליצור כדוריות במים, חוץ מלהוסיף להם ליפידים אמפיפיליים.
כשמביאים בחשבון את האפשרויות השונות לראשים ולזנבות, מגוון המולקולות הליפידיות הוא גדול מאוד, ועל מגוון זה מבוססת התיאוריה של "עולם הליפידים״: ליפידים שונים מתקבצים כדי ליצור כדוריות שונות במספר הרכבים גדול ביותר. החידוש המרכזי של מודל עולם הליפידים הוא בהתייחסות אל ההרכב (בניגוד לרצף) של הכדוריות כאל המידע המשויך לכל כדורית (אפשר להקביל את ההבדל בין מידע רצפי להרכבי להבדל בין ספר לרשימת מכולת. המשמעות של הספר מתקבלת רק כאשר קוראים את המילים והפרקים לפי הסדר, ואילו כאשר אנו קונים, סדר הקנייה אינו חשוב ויש רק להקפיד שבבואנו לקופה המוצרים בסל יתאימו לרשימת הקניות). בכך המודל הראה כיצד מידע זה יכול להיות מועבר מדור לדור, כלומר - שיש אפשרות לתורשה בכדוריות ליפידיות. מידע זה יכול לבוא לירי ביטוי, למשל, בגמישות ובחדירות של הכדורית לחומרים שונים, אולי אף למרכיבים של RNA. כך יכולות הכדוריות שהתפתחו לדרגת יעילות מיטבית לשמש כמיקרו־ריאקטור ליצירה של מולקולות RNA - וכך היה עשוי להיווצר מעין תא בראשיתי שיכול להתפתח לאב הקדמון.
ליפידים דוגמה של ליפיד - למשל, סבון או חומצה שומנית שמקורה בשמן זית - חומצה אולאית (oleic acid) - במים, הליפידים מתקבצים כך שהראשים יוצרים מעטפת חיצונית באופן שהזנבות מוגנים בפנים. מבחינה מבנית, הליפידים כיום מורכבים יותר מהליפידים הפר־ביוטיים: השרשרת הפחמנית יותר ארוכה, פחות רוויה, ומקרים של שרשרות מסועפות מאוד נפוצים, מה שהופך את הממברנות כיום ליותר קשיחות ופחות חדירות מאלו שהשתתפו בראשית החיים. |
חלקיקים אנטי-ויראליים של חברת Vecoy Nanomedicines (מסומנים בחיצים) לצד תאים חיים. החלקיקים מגנים על התאים על-ידי ספיחת הוירוסים המצויים במרחב הבין תאי. צילום: שמוליק יטאח ויניב עמיר |
התרופה 'טרובדה' צילום: Jeffrey Beall, Wikimedia commons |
צילום מ-1948 במיקרוסקופ אלקטרונים של חיידקי E. coli ונגיפים שלהם המקור: Gabor Dennis: The electron microscope, its development, present performance and future possibilities Flicker |
הדבקה בנגיפי HIV איור: Victor Padilla-Sanchez, PhD - Wikimedia commons |
'טרובדה' נמצאת כבר היום בשימוש להאטת התפשטות נגיף ה-HIV בנדבקים, כדי לאפשר להם איכות חיים טובה יותר. צילום: Jeffrey Beall, Wikimedia commons |
אשה מניקה באפריקה, 1933 צילום: Karl Schwabe, Wikimedia commons |
יתושת אנופלס (Anopheles albimanus) - בזמן סעודה על עורו של אדם. צילום: CDC/ James Gathany |
צילום: Joe Ravi, Wikimedia commons, CC-BY-SA 3.0 |
פרופ' אמציה גנין צילום: דניאלה גנין |
ויליאם רטקליף (Ratcliff) מאוניברסיטת מיניסוטה ישב יום אחד במשרדו של המנחה שלו, מייקל טרביסנו (Travisano), והשניים תהו איזה ניסוי יוכלו לערוך שישפוך אור על אחת השאלות הגדולות של מדעי החיים. "החלטנו שמוצא החיים (המעבר מחומר דומם לצורת החיים הראשונה) זה מסובך מדי", אמר רטקליף לקרל זימר (Zimmer), סופר וכתב לענייני מדע של ה"ניו-יורק טיימס", "ואז חשבנו – חוץ ממוצא החיים, מה יהיה הכי מגניב?"
שמרים חד-תאיים (שמאל) ו"פתיתי-שלג" רב תאיים (ימין). צילום מתוך: Ratcliff, W.C. et al. PNAS 109 ©2012. |
הכי מגניב, לדעתם של רטקליף וטרביסנו, יהיה לחקור את מוצא החיים הרב-תאיים – איך אורגניזמים חד-תאיים התחילו לשתף פעולה ביניהם, ויצרו מערכים רב-תאיים מורכבים, שבסופו של דבר הובילו לבעלי חיים וצמחים, שבהם מיליארדי תאים ממלאים תפקידים רבים ושונים בגוף אחד. בניגוד למוצא החיים, שרוב החוקרים מאמינים כי התרחש פעם אחת ויחידה (או לפחות, רק צורת חיים אחת שרדה והובילה לכל האורגניזמים הקיימים כיום), המעבר לצורות רב-תאיות התרחש כמה פעמים בשושלות שונות. רטקליף ועמיתיו החליטו לעודד יצירת גופים רב-תאיים ביצור חד תאי – פטריית השמר Saccharomyces cerevisiae.
החוקרים גידלו שמרים חד-תאיים, זהים גנטית, ב-15 מכלים שונים. כל יום, חלק מהתאים הועברו למכל חדש, שם יוכלו להמשיך ולגדול. אך תאים אלו לא נבחרו באקראי – החוקרים אספו את השמרים ששקעו לקרקעית לאחר סיבוב קל של המכל בצנטריפוגה (סרכזת). כיוון שגופים רב-תאיים יהיו גדולים יותר מתאים בודדים וייטו יותר לשקוע, יהיה להם סיכוי טוב יותר להיאסף ולעבור למכל הבא. בשיטה זו יצרו החוקרים לחץ ברירתי על תאי השמר: סביבה המתגמלת את יצירתם של גופים רב-תאיים.
התוצאות לא איחרו לבוא. כעבור 60 יום, בכל 15 המכלים נמצאו גופים רב-תאיים, שהחוקרים כינו "פתיתי-שלג" על שם צורתם. הגופים נוצרו על ידי חלוקה לא שלמה של תאי השמר. במצבם המקורי שמרים אלו מתחלקים על ידי "הנצה", כלומר, תא-הבת נוצר מתוך תא-האם ואז נפרד ממנו. בזנים החדשים תאי-הבת לא ניתקו לחלוטין מתא-האם אלא נשארו צמודים אליו. דבר זה יצר גופים רב-תאיים, המורכבים מתאים זהים זה לזה מבחינה גנטית. התאמת השמרים לחיים רב-תאיים לא הסתיימה עם היווצרות גופים אלו. השמרים פיתחו את מה שהחוקרים תיארו כגרסה פשוטה של חלוקת עבודה בתוך הגוף – כאשר "פתית השלג" מגיע לגודל מסוים, הוא נשבר לשניים, ותאים מסויימים צריכים למות כדי לאפשר זאת. התאים הללו הורגים את עצמם, בתהליך הנקרא אפופטוזיס, כדי לאפשר את הגדילה וההתרבות של הגוף כולו. החוקרים סבורים שתהליכים מעין אלו היו עשויים להתרחש כאשר אורגניזמים חד-תאיים הפכו לרב-תאיים לראשונה, לפני מאות מיליוני שנים. הקלות בה התפתחו גופים רב-תאיים בניסוי זה עשויה להעיד שזו תכונה שקל למדי לפתח בסביבה המתאימה לכך.
החוקרים פרסמו את ממצאיהם בכתב-העת המדעי PNAS. אך זה לא היה סוף הסיפור. למעשה, פרסום המחקר הוא לעולם לא סוף הסיפור – לפחות לא בכל הנוגע למחקרים מוצלחים ומעניינים. מחקרים טובים אמורים לעורר דיון בקהילה המדעית, והמגזינים המדעיים מלאים בתגובות למחקרים קודמים. אך הזמנים משתנים, והדיון המדעי עובר אט-אט גם למחוזות אחרים; הרשתות החברתיות השונות והאינטרנט באופן כללי – מתחילים למלא תפקיד גם בשטח זה.
מדע חברתי
התגובות הראשונות הגיעו – איך לא – דרך טוויטר. עקב המאמר של זימר בניו-יורק טיימס, צייצו כמה חוקרים, ביניהם לאוניד קרוגילק (Kruglyak) מאוניברסיטת פרינסטון ומייקל אייזן (Eisen) מאוניברסיטת ברקלי, את הסתייגותיהם מהמאמר. השמרים, העירו, הם במקורם רב-תאיים – וייתכן שבניסוי הם פשוט חזרו למצב קדום יותר (נציין שהמאמר של רטקליף התייחס לעניין זה). הם גם תהו מדוע החוקרים לא רִצפו את הגנום של הזנים החדשים כדי לבדוק אלו מוטציות בדיוק הובילו למצב החדש. זימר ענה להם כמיטב יכולתו, ולאחר מכן העביר את השיחה אל רטקליף, וזה החזיר לו תשובה מפורטת: לטענתו, גם אם כמה זנים של שמרים אכן יוצרים גופים רב תאיים, הזן שבו הם השתמשו אינו כזה. הרב-תאיות שהתפתחה בניסוי אינה חזרה למצב קדום, אלא תוצאה של מוטציה ששיבשה את ההיפרדות של תא-הבת מתא-האם.
זימר פרסם את הציוצים הביקורתיים ואת התשובה של רטקליף בבלוג המדעי-פופולרי שלו, The Loom. ואז החל השלב השני. אחד הקוראים של הבלוג פירט את דעתו ואת הסתייגויותיו מאספקטים מסוימים במאמר בהערה לפוסט, ורטקליף עצמו הגיב וענה באריכות על כל הנקודות שהעלה. כך התפתח דיון מעניין בין כמה קוראים לבין רטקליף, כאשר טרבסינו – המנחה של רטקליף – הצטרף גם הוא בשלב מסוים.
האם העובדה שהדיונים המדעיים עוברים מהמגזינים לבלוגים ולרשתות החברתיות הוא שינוי שיש לברך עליו? האם אפשר בכלל לנהל דיון מעמיק בפורמט כזה?
אנחנו סבורים שהתשובה היא חיובית. כמובן, הדבר תלוי במידה רבה באכסניה בה מתנהל הדיון, ויותר מכל – הוא תלוי במשתתפים. המגיבים בבלוג של זימר היו בקיאים בנושא, התייחסו בכבוד זה לזה, ובבירור הצטרפו מתוך סקרנות ורצון ללמוד. אין צורך לציין שזה לא בהכרח המצב בכל הדיונים הנערכים באינטרנט. מצד שני, דיונים כאלו מאפשרים לציבור שאינו קורא את המגזינים המדעיים להיחשף לחילוקי דעות בין מדענים, ולפן של העבודה המדעית שאינו מוצג בדרך כלל לציבור הרחב. רטקליף ראוי להערכה על כך שהיה מוכן להקדיש מזמנו ולענות לקוראים בטוויטר ובבלוג של זימר. אנחנו מקווים שיותר ויותר מדענים יבינו את החשיבות שבחשיפת המחקר שלהם לציבור, ולא יחששו להיכנס לדיונים עם קוראים – מומחים ושאינם מומחים – בזירות שונות, במקום להישאר במתחם הסגור של המגזין המדעי.
המאמר המקורי: Ratcliff, W.C. et al. PNAS 109
פורסם ב"גליליאו" 164, אפריל 2012 ובתיבת נעם.